Το τμήμα μουσικής του Παπαφείου υπήρξε εκλεκτό φυτώριο, μοναδικός χώρος συστηματικής διδασκαλίας και μεθοδικής πρακτικής ενασχόλησης με τη μουσική για χιλιάδες παιδιά. Οι ακατάπαυστες προσπάθειες των υπευθύνων, η αγάπη και ο ζήλος των παιδιών για την τέχνη, καθώς επίσης και η ηθική και υλική συμπαράσταση του κοινού, μετέτρεψαν τα καθημερινά μαθήματα μουσικής του Ιδρύματος σε τρόπο ζωής και έκφρασης, σε δραστηριότητα με τεράστια παιδαγωγική και μορφωτική επιρροή. Γι’ αυτόν ακριβώς το λόγο το τμήμα μουσικής κατόρθωσε όχι μόνο να διατηρηθεί ζωντανό, αλλά και να επεκτείνει τη δράση και την προσφορά του, παρά τις αντίξοες συνθήκες που επικρατούσαν.

Από το 1903 και μετά, το τμήμα μουσικής του Παπαφείου Ορφανοτροφείου ήταν εκείνο που διέδωσε τη μουσική στις περισσότερες περιοχές της Μακεδονίας και της Θράκης και τροφοδότησε φιλαρμονικές και ορχήστρες (στρατιωτικές και μη) με πλήθος ταλαντούχων μουσικών. Η διδασκαλία της θεωρίας και η εκμάθηση πνευστών μουσικών οργάνων σε καθημερινή βάση, πριν ακόμη ιδρυθεί το πρώτο ωδείο στη Θεσσαλονίκη, ήταν κάτι πρωτόγνωρο και προοδευτικό, ιδιαίτερα σε μια χρονική περίοδο που η ελάχιστη μόρφωση και εκπαίδευση αποτελούσε ουσιαστική διαπαιδαγωγήσει των παιδιών.

Σε σύντομο χρονικό διάστημα (1906) το τμήμα της Μουσικής οργάνωσε τη δική του μπάντα, στην οποία μετείχαν όλοι οι ταλαντούχοι μαθητές του Παπαφείου. Χάρη στις ικανότητες και στην αμέριστη συμπαράσταση όλων, η μπάντα κατόρθωσε να διακριθεί και να καθιερωθεί στη συνέχεια ως η καλύτερη παιδική μπάντα της Ελλάδος.

Η παιδική φιλαρμονική στη διάρκεια όλων αυτών των ετών πραγματοποίησε εκατοντάδες συναυλίες εντός και εκτός Ελλάδος, συμμετείχε σε πατριωτικές και θρησκευτικές εορτές και σε πολλά άλλα καλλιτεχνικά δρώμενα συμβάλλοντας στην πολιτιστική ανάπτυξη του τόπου.

Σήμερα συνεχίζεται η μουσική παράδοση των 100 και πλέον ετών από την ίδρυση του Παπαφείου με τη λειτουργία τμημάτων θεωρητικών μαθημάτων και εκμάθησης πνευστών και κρουστών οργάνων, τα οποία στελεχώνουν τη παιδική φιλαρμονική του ιδρύματος. Η φιλαρμονική του Παπαφείου εξακολουθεί να συμμετέχει σε παρελάσεις, σε εκδηλώσεις καλλιτεχνικού περιεχομένου και σε διάφορες συναυλίες και απαρτίζεται από 20 μέλη.