Από 26/5/2010 το Ίδρυμα διοικείται από 5μελές Διοικητικό Συμβούλιο με Πρόεδρο (σύμφωνα και με την διαθήκη του αειμνήστου ευεργέτη Ιωάννη Παπάφη) τον Παναγιώτατο Μητροπολίτη κ.κ Άνθιμο.

Με την ΔΥ1δ/Γ.Π.οικ. 61117/21 -5- 2010 (ΦΕΚ 186/26 -5- 2010 τ. Υ.O.Δ.Δ.) απόφαση της Υφυπουργού Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, που εκδόθηκε σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 15 του ν. 3329/2005 (ΦΕΚ 81 Α΄) «Εθνικό Σύστημα Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης και λοιπές διατάξεις», τροποποιείται η ΔΥ1 δ/168613/08/ 9 -4- 2009 (ΦΕΚ 165 ΥΟΔΔ) απόφαση και διορίζονται μέλη στο Διοικητικό Συμβούλιο του ΠΑΠΑΦΕΙΟΥ Κέντρου Παιδικής Μέριμνας Αρρένων Θεσσαλονίκης «Ο ΜΕΛΙΤΕΥΣ», αρμοδιότητας της Διοίκησης 4ης Υγειονομικής Περιφέρειας Μακεδονίας και Θράκης και σύμφωνα με τις ανωτέρω αποφάσεις το Διοικητικό Συμβούλιο έχει ως κατωτέρω:

1. Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Άνθιμος, ως Πρόεδρος.
2. Γκουγκουσκίδης Σταύρος του Θεοδώρου, Ψυχολόγος, με αναπληρωτή του τον Αμπατζόγλου Γρηγόριο του Φαίδωνος, Παιδοψυχίατρο.
3. Καραγκάνης Νέστορας του Μενελάου, Οικονομολόγος, με αναπληρώτρια του την Βογιατζόγλου Αυγή του Θεμιστοκλή, Δικηγόρο.
4. Δημητριάδης Κωνσταντίνος του Αλέξανδρου, Ιατρός, με αναπληρωτή του τον Κωστόπουλο Θεόδωρο του Στεφάνου, Εκπαιδευτικό
5. Θεοδωρίδης Αντώνιος του Γεωργίου με αναπληρωτή του τον Σταμάτη Φώτιο του Γεωργίου, αμφότεροι με την ιδιότητα του εκπροσώπου των εργαζομένων.

Η θητεία των ανωτέρω διοριζομένων λήγει μαζί με το υπόλοιπο της θητείας των άλλων μελών του Συμβουλίου και συγκεκριμένα στις 14 -4- 2011.