Από 16 Μαΐου 2005 η Μονάδα μας, είναι ΝΠΔΔ και εποπτεύεται από την 4η Υγειονομική Περιφέρεια Μακεδονίας & Θράκης, σύμφωνα με την αριθμ. Π3/Φ.ΝΟΜ/ΓΠοικ. 45162/ 3 -5 – 2005 (ΦΕΚ 604/05 τ. Α΄) και σε εφαρμογή του Ν. 3329/05 (ΦΕΚ 81/05 τ. Α΄) «Εθνικό Σύστημα Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης και λοιπές διατάξεις»

Το Ίδρυμα λειτουργεί σύμφωνα με τον αριθμ. Γ2Β/ΟΚ/8291/7.12.1984 (ΦΕΚ 860/54 τ. Β΄) Κανονισμό των Κέντρων Παιδικής Μέριμνας στον οποίο και περιγράφονται και τα καθήκοντα και οι αρμοδιότητες των υπαλλήλων του Ιδρύματος.

Η Μονάδα μας είναι σε επίπεδο Διεύθυνσης σύμφωνα με την Κοινή Υπουργική Απόφαση Γ2β/5166/5-12-1988 (ΦΕΚ 900/88 Β΄) και δεν περιλαμβάνει Τμήματα.

Ο οργανισμός του Ιδρύματος διέπεται από α) τις διατάξεις του Β.Δ. 492/64 «Περί καθορισμού της οργανικής σύνθεσης του προσωπικού του Εθνικού Παπαφείου Ορφανοτροφείου «Ο Μελιτεύς» και β) τις διατάξεις της αριθμ. Γ2β/οικ/3056/88 απόφασης των Υπουργών Προεδρίας και Υγείας και Πρόνοιας σχετικά με την προσαρμογή των κλάδων προσωπικού των Κέντρων Παιδικής Μέριμνας.